Fu costruita insieme alla cinta urbana della città nel periodo a cavallo tra il XIII ed il XIV secolo. Nei pressi sorsero l'ospedale e la chiesa di S.Lucia, che nel '500 passarono alle monache clarisse: queste ingrandirono la chiesa nel 1539 inglobando un tratto delle mura medioevali e trasformando l'ospedale in monastero. Nel febbraio 1689 si accordava alle stesse monache la licenza di tagliare un pezzo della torretta pisana prospiciente a Villanova per allargare la sacrestia.

Nel 1903 la Torre di S.Lucia fu restaurata dall'Istituto "Umberto e Margherita", che ha sede nell'antico monastero dietro le mura pisane.

E' l'unica torre medioevale a pianta quadrangolare ancora esistente. In origine doveva essere a sagoma semicircolare, come le due torri superstiti della Passarina e della Tedeschina presso il Museo Archeologico; alla sua base si notano i resti della fondazione di una struttura cilindrica. Probabilmente fu ricostruita in età aragonese: il taglio e la posa dei conci squadrati ricorda il sistema costruttivo delle torri "pisane" del Castello di S.Michele in Cagliari. Parzialmente inglobata nella cinquecentesca chiesa di S.Lucia, di cui costituisce il muro esterno della sacrestia, la torre ha pianta quadrangolare con un fronte di 5 metri ed un'altezza residua di circa 12. Si riconosce una feritoia "arciera". Scomparsa la merlatura e parte del suo fianco sinistro. All'interno del locale, dietro un armadio, si apre uno sportellino nel muro dal quale è possibile accedere ad una cisterna, forse medioevale.

Il presbiterio gotico aragonese situato all'interno del muro medioevale inglobato durante la ristrutturazione della chiesa, nel XVI secolo.